Os efeitos colaterais são semelhantes aos dos anticoncepcionais orais combinados de baixa dose.  Embora a experiência com estes métodos é bem menor que com os orais, o fato que os estrogênios sejam naturais e que a via injetável diminui a sobrecarga hepática porque não existe a primeira passagem dos hormônios pelo fígado permitem inferir que os efeitos secundários poderiam ser de menor magnitude.

Nos estudos clínicos colaborativos introdutórios, menos de 25% das usuárias apresentou efeitos colaterais, 16% aos seis meses e 8% aos 12 meses.

O efeito mais freqüente foi a alteração do padrão menstrual.  Praticamente 15% das usuárias referiram alterações menstruais após a primeira injeção.   Esta porcentagem diminuiu a 7,6% aos tres meses, 5,9% aos seis meses e 2,7 ao fim do primeiro ano.

As mulheres que registraram os sangramentos diariamente notaram anormalidades em 43% nos primeiros tres meses e 34% nos últimos tes meses do primeiro ano de uso, ou seja, algo entre o 30 e o 40% das usuárias apresenta alterações menstruais, mas uma porcentagem muito menos pede suspender a injeção por essa causa (ver causas de descontinuação).

Os efeitos não menstruais são muito semelhantes e se apresentam com freqüência similar às pílulas.